Przedstawiony poniżej układ powinien być taki sam dla każdego Linuksa (układ taki możemy też spotkać w Uniksie i jego klonach). W zależności od dystrybucji może on być nieco inny (zróżnicowanie powinno być minimalne).

Nie opisałem wszystkich katalogów jakie można znaleźć w tym drzewie. Skupiłem się na ważniejszych.

• / - główny katalog w systemie. W nim znajdują się kolejne katalogi. Często oznaczany jest jako korzeń - z angielska root (każde drzewo się od tego zaczyna).
  
  
  • bin/ - katalog zawiera zestaw niezbędnych poleceń dla wszystkich użytkowników Linuksa. Znajdują się tutaj takie programy, jak: mv, cp, ls, tar itp...
    
    
  • boot/ - tutaj znajdują się pliki niezbędne do ładowania systemu. Znajdziemy tu przede wszystkim pliki konfiguracyjne programu ładującego (lilo, grub), konfigi jądra systemu, vmlinuz (jądro systemu - kernel), system.map (przechowuje adresy i nazwy funkcji oraz zmiennych z pliku binarnego jądra), initrd (plik wspomagający załadowanie pewnych modułów np. przed zamontowaniem głównej partycji) ...
    
    
  • dev/ - pliki urządzeń ( m.in. dysków twardych, napędów i innych... )
    
    
  • etc/ - pliki konfiguracyjne (programy do konfiguracji):
    • X11/ - pliki i konfigi dla środowiska X Window,
      
      
  • home/ - tutaj znajdują się domowe katalogi użytkowników (a w tych katalogach ich pliki),
    
    
  • lib/ - miejsce przechowywania bibliotek systemowych Linuksa (np. wymaganych do bootowania) oraz modułów jądra:
    • modules/ - moduły jądra ładowane przez system,
      
      
  • mnt/ - znajdują się tutaj katalogi przeznaczone do montowania urządzeń (partycje, cd-romy, pendrive). Katalogi te często trzeba utworzyć samemu. W niektórych dystrybucjach można znaleźć również katalog (lub dowiązanie symboliczne) /media/.
    
    
  • opt/ - katalog, w którym pownno się instalować oprogramowanie,
    
    
  • proc/ - katalog ten fizycznie nie istnieje - tworzy go jądro podczas startu systemu. Jest to katalog wirtualny, w którym przechowywane są informacje o pracy jądra i procesach. Dzięki niemu można się dowiedzieć m.in. jakie urządzenia są wykrywane przez system.
    
    
  • root/ - katalog domowy roota (administratora). Jedyny katalog użytkownika, który nie znajduje się w katalogu /home/,
    
    
  • sbin/ - zestaw niezbędnych programów dla administratora. Można znaleźć tutaj programy takie, jak: fdisk, modprobe, shutdown itp. (narzędzia do uruchamiania i naprawy systemu),
    
    
  • tmp/ - przechowuje pliki tymczasowe systemu (ang. Temporary), które zostają usuwane przy starcie systemu operacyjnego,
    
    
  • usr/ - jest to kolejne ogromna gałąź katalogów w systemie. Przechowywane tam informacje może modyfikować zazwyczaj tylko root.
    • bin/ - programy wykorzystywane przez zwyczajnego użytkownika,
    • games/ - gry i rozrywka,
    • include/ - pliki nagłówkowe dla języka C - są oznaczane rozszerzeniem *.h (np. stdio.h),
    • info/ - skompresowane pliki info niektórych programów,
    • lib/ - biblioteki (np. programów z intefejsem graficznym), pliki obiektowe oraz binaria,
    • local/ - zawiera szereg katalogów lokalnych, w których znajdują się pliki lokalne (też dokumentacje i manuale),
    • sbin/ - kolejne binaria nie koniecznie niezbędne - używane przez administratora,
    • share/ - zawiera kolejną listę katalogów, w których zostały zawarte informacje tylko do odczytu. Pliki, które tam się znajdują są niezależne od architektury, (również dokumentacje i manuale),
    • src/ - miejsce przechowywania nielokalnych kodów źródłowych (np. źródło jądra Linuksa),
      
      
  • var/ - katalog, w którym przechowywane są dane ulegające ciągłej zmianie, np. logi systemowe, kolejki, pliki tymczasowe itp.:
  • cache/ - miejsce przechowywania pamięci podręcznej (keszu) aplikacji,
  • games/ - zmieniające się dane o grach (z /usr/games),
  • lib/ - przechowuje informacje na temat stanu systemu i programów,
  • local/ - zmieniające się dane dla /usr/local,
  • log/ - logi systemowe,
  • tmp/ - pliki tymczasowe (dotyczące ładowania systemu), np. ustawienia pulpitu dla użytkownika (np. kde).

Na tym chciałem zakończyć.

Mam nadzieje, że teraz znając już położenia tych katalogów i rodzaj "towaru", który tam przechowują, będzie Ci łatwiej zrozumieć dlaczego niektóre programy odnoszą się właśnie w te miejsca.